Penerapan sistem penempatan jemaah haji berbasis Syarikah menggantikan sistem kloter membawa sejumlah tantangan. Salah satu kekhawatiran utama adalah potensi terpisahnya pasangan suami-istri, anak dengan orang tua, atau jemaah disabilitas dengan pendampingnya. Namun, pihak penyelenggara telah melakukan berbagai langkah antisipasi untuk meminimalisir dampak sistem ini.